在科技发达的今天，虽然至今仍不能完全明确口腔溃疡的确切病因，但专家认为口腔溃疡的发生是多种因素综合作用的结果，而免疫、遗传和环境可能是口腔溃疡发病的“三联因素”。在漫漫的探究长河中，经历过无数的探索与研究，大多数医生认为，口腔溃疡与以下因素有关：
1、消化系统疾病及功能紊乱
患系统性疾病的患者易发生口腔溃疡，主要是通过影响免疫系统而致病。口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎等有关。研究表明：30%-48%的口腔溃疡患者有消化道疾病，如腹胀、腹泻或便秘等情况。其中9%以上有消化道溃疡。
2、内分泌变化
有些女性患者往往在月经期发生，可能与体内雌激素量下降有关。有些女性每逢经期或行经前后就会出现口腔溃疡，用药治疗只能暂时缓解，下月行经时依然如故地出现，疼痛难忍，与此同时，还常伴有口干、心烦、易怒和大便干结等令人烦恼的症状。临床研究发现，月经期出现口腔溃疡主要是由于体内黄体酮水平增高而雌激素（孕酮等）的水平降低所致。
3、精神因素
有的患者在精神紧张、情绪波动、睡眠状况不佳的情况下发病，可能与植物神经功能失调有关。
4、遗传因素
如父母双方均患有复发性口腔溃疡时，其子女约有80—90%患病，若双亲之一患此病时，其子女约有50—60%患病。
5、其他因素
如缺乏微量元素锌、铁，缺乏叶酸、维生素B12以及营养不良等，可降低免疫功能，增加复发性口腔溃疡发病的可能性。病毒可能是口腔溃疡的始动因子，但目前尚未在患者血清中查出相关抗体，亦未见从口腔溃疡病损组织中分离出病毒的报道。
细菌对口腔溃疡的作用已提出了多年，与口腔溃疡关系密切的细菌有血链球菌及幽门螺杆菌。体内超氧自由基的生成和清除率不平衡、血栓素B2和6酮前列腺素比例失调及总体水平下降可引发口腔溃疡。微循环障碍致血流速度慢，血液流量低，毛细血管静脉端管径扩张，造成局部缺血、缺氧从而引起黏膜膜损伤，溃疡形成。血清中缺锌、缺铁、高铜等与RAU的发生有一定相关性。有报道称戒烟亦可诱发口腔溃疡。牙膏中的成分12-烷硫酸钠（SLS）可能刺激黏膜，诱发口腔溃疡。
6、中医病因机制
祖国医学界早已对口腔溃疡有记载。按照中医的理论体系，口腔溃疡有以下几种病因：
1）外感六淫，主要是燥、火两邪，燥邪干涩，易伤津液，火为阳邪，其性炎上，津伤火灼，口疮乃发。故口疮多在秋季及气候突变时容易复发。
2）饮食不节，由于过食辛辣肥厚之品或偏食，致火热内生，循经上攻，熏蒸口舌，并常耗伤心肺肾之阴津，致口疮发生。
3）情志过极，患者素日思虑过度，心烦不寐，五志郁而化火，心火亢盛，上炎熏灼口舌，或心火下移于小肠，循经上攻于口，均可致口舌生疮；或平素多有郁怒，肝郁气滞，肝气不疏，郁而化火，暗耗阴血，致冲任经脉不调，经行之时，经气郁遏更甚，肝火旺盛，上灼口舌而致口疮。
4）素体阴亏，患者素体阴液不足，或久病阴损，虚火内生，灼伤口舌，乃至口舌生疮。
5）劳倦内伤，或久病伤脾，脾气虚损，水湿不运，上渍口舌，而致口疮；或郁久化热，湿热上蒸，亦可致口疮。更有甚者，脾气虚极，伤及脾阳，脾阳不足，寒湿生热，上渍于口，可发口疮。
6）先天察赋不足，或久用寒凉，伤及脾肾，脾肾阳虚，阴寒内盛，寒湿上渍口舌，寒凝血淤，久致口舌生疮。总之外感六淫燥火，内伤脏腑热盛是致病主因，主病之脏在于心和脾（胃）。
7、食物不耐受
如果口腔溃疡反复发作，持续数年甚至十几年未愈，非常有可能与食物不耐受有关。食物不耐受指的是一种复杂的变态反应性疾病，人的免疫系统把进入人体内的某种或多种食物当成有害物质，从而针对这些物质产生过度的保护性免疫反应，产生食物特异性IgG（免疫球蛋白G）抗体，IgG抗体与食物颗粒形成免疫复合物（Ⅲ型变态反应），可引起所有组织（包括血管）发生炎症反应，并表现为全身各系统的症状与疾病。
YORK营养学实验室曾经做过一项研究，他们对2567个怀疑有食物不耐受的英国人进行了调查研究，有44%的人出现慢性腹泻、腹痛、溃疡、消化不良。其中溃疡的最主要表现就是口腔溃疡。可到医院做食入物变应原筛查（俗称食物不耐受检测）。各大中城市的大型医院都可以做，目前做14项常规检测费用在400-500元之间。找到不耐受食物后，无需用药，只要调整饮食结构，忌食该食物，最快30天，最长半年就可完全摆脱口腔溃疡困扰。
虽然引起口腔溃疡的因素有不少，但专家表示，口腔溃疡是可以预防和治疗的。如果发病频率比较频繁的，建议还是多多忌口，抵住美食的诱惑，另一方面，注意正常作息，这样可以使自己的口腔更为健康，同时也更大程度的减少难熬的疼痛。得了口腔溃疡及时治疗是关键，不要掉以轻心，经专家推荐用千草堂咽爽含漱液，由金银花、千里光、蒲公英、紫花地丁等，具有清热解毒、消肿止痛、清喉利咽作用的中药材为原料，经提取、浓缩等工艺制成，温和性高，没有副作用，对治疗口腔溃疡效果显著。